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研究業績

Preprint

1. “Universal Negative Energetic Elasticity in Polymer Chains: Crossovers among Random, Self-Avoiding, and Neighbor-Avoiding Walks”
   Nobu C. Shirai, Naoyuki Sakumichi, arXiv:2408.14992 (2024)
   https://doi.org/10.48550/arXiv.2408.14992
   

Journal Articles

1. “Solvent-Induced Negative Energetic Elasticity in a Lattice Polymer Chain”
   Nobu C. Shirai, Naoyuki Sakumichi, Phys. Rev. Lett. 130, 148101 (2023)
   doi:10.1103/PhysRevLett.130.148101
   
2. “The interplay of intrinsic disorder and macromolecular crowding on α-synuclein fibril formation”
   Nobu C. Shirai, Macoto Kikuchi, J. Chem. Phys. 144 055101 (2016)
   doi:10.1063/1.4941054 arXiv:1411.3383
   
3. “Structural flexibility of intrinsically disordered proteins induces stepwise target recognition”
   Nobu C. Shirai, Macoto Kikuchi, J. Chem. Phys. 139 225103 (2013)
   doi:10.1063/1.4838476 arXiv:1310.0889
   

Proceedings

1. “How to estimate the number of self-avoiding walks over 10^100? Use random walks.”
   Nobu C. Shirai, Macoto Kikuchi, Interdisciplinary Information Sciences 19 79 (2013)
   doi:10.4036/iis.2013.79 arXiv:1304.7352
   
2. “Multicanonical simulation of the Domb-Joyce model and the Go model: new enumeration methods for self-avoiding walks”
   Nobu C. Shirai, Macoto Kikuchi, J. Phys.: Conf. Ser. 454 012039 (2013)
   doi:10.1088/1742-6596/454/1/012039 arXiv:1212.2181
   

解説

1. 格子ポリマー鎖で探るゲルの「負のエネルギー弾性」の起源
   白井伸宙、作道直幸、分子シミュレーション学会誌『アンサンブル』、25, pp. 284—293 (2023) Jxiv
2. 拡張アンサンブル法を用いた self-avoiding walk の数の推定
   白井伸宙、数理解析研究所講究録 No.1848, p.108「次世代計算科学の基盤技術とその展開」、2013年8月講究録No.1848 改訂版PDF

研究会・セミナー

1. Negative Energetic Elasticity in Gels: Insights from a Lattice Polymer Chain
   Nobu C. Shirai, MRSEC Seminar, Feb. 29, 2024
   
   
2. ゲル弾性の統計力学:自己回避ウォークで迫る負のエネルギー弾性
   白井伸宙、三重大学物性物理学研究室セミナー 、2023年11月
   
   
3. 自己回避ウォークの負のエネルギー弾性
   白井伸宙、統計物理と統計科学のセミナー@統計数理研究所 、2022年4月
   
   
   
4. 自己回避ウォークで探る高分子ゲルの負のエネルギー弾性
   白井伸宙、神戸大学大学院物理学専攻談話会 、2021年8月
   
   
5. ランダムフォレストを用いた組み合わせ多言語署名照合
   松田圭悟、大山航、白井伸宙、若林哲史、第７回バイオメトリクスと認識・理解シンポジウム、S2-11 pp.31-32、2017年11月
   
   
6. 多領域照合を用いた経年不変な顔画像認識
   杣田裕太、大山航、白井伸宙、若林哲史、第７回バイオメトリクスと認識・理解シンポジウム、S4-10 pp.94-95、2017年11月
   
   
7. ファネル気体モデルの構築とその計算法について
   白井伸宙、第4回蛋白質間相互作用研究会、御殿場、2016年1月
   
   
8. “Lattice gas model for α-synuclein fibril formation under crowded environment”
   Nobu C. Shirai, Rare Event Sampling and Related Topics III, 統計数理研究所, 2015年11月
   
   
9. “Disordered tail of the linker histone H1 in chromatin compaction dynamics studied by coarse-grained simulations”
   Nobu C. Shirai and Shoji Takada, 「柔らかな分子系」国際シンポジウム（第3回公開シンポジウム）, 科学未来館, 2015年9月
   
   
10. リンカーヒストンが引き起こすクロマチン構造のコンパクト化のダイナミクス
    白井伸宙、機能物性融合科学研究会シリーズ2「ソフトダイナミクス」、物性研、2015年4月
    
    
11. リンカーヒストンが引き起こすクロマチン構造のコンパクト化のダイナミクス
    白井伸宙、第3回天然変性タンパク質計算科学セミナー、御殿場、2015年3月
    
    
12. α-シヌクレイン繊維形成に対する分子混雑の影響
    白井伸宙、第2回天然変性タンパク質計算科学セミナー、御殿場、2014年2月
    
    
13. 統計力学モデルで探る天然変性タンパク質の機能―混雑した環境下でのシグナル伝達に注目して
    白井伸宙、京阪計算生物物理セミナー、京大、2013年3月
    
    
14. “New statistical enumeration methods for self-avoiding walks”
    Nobu C. Shirai and Macoto Kikuchi, 4th YSM-SPIP, 仙台, 2012年12月
    
    
15. 拡張アンサンブル法を用いたself-avoiding walkの数の推定
    白井伸宙、数理解析研究所、2012月10月
    
    
16. 格子ガスモデルを用いたタンパク質結合プロセスの熱力学的解析
    白井伸宙、菊池誠、研究会「情報統計力学の最前線」、京大基研、2012年3月
    
    
17. 天然変性タンパク質の格子モデルとシミュレーション（天然変性タンパク質のサーベイ含む）
    白井伸宙、菊池誠、研究会「マルコフ連鎖モンテカルロ法とその周辺」 、統計数理研究所、2011年3月
    
    

国際学会

1. “Negative Energetic Elasticity in Gels: Insights from a Lattice Polymer Chain”
   Nobu C. Shirai, Naoyuki Sakumichi, APS March Meeting 2024, Minneapolis, Z31.00007 (Oral), Mar. 8, 2024.
   
   
   
2. “Scaling in Gel Mechanics: Crossover between Self- and Neighbor-Avoiding Walks”
   Nobu C. Shirai, Naoyuki Sakumichi, APS March Meeting 2024, Minneapolis, N00.00115 (Poster), Mar. 6, 2024.
   
   
   
3. “Microscopic origin of negative energetic elasticity in polymer gels: effective intra-chain repulsive interaction”
   Nobu C. Shirai, Naoyuki Sakumichi, ISMC2023, Osaka, 1a-F-a4, Sep. 4, 2023.
   
   
   
4. “Scaling relation in a lattice polymer chain with negative energetic elasticity”
   Nobu C. Shirai, Naoyuki Sakumichi, StatPhys28, Tokyo, PSb-94, Aug. 8, 2023.
   
   
5. “Disordered tail of linker histone H1 in chromatin compaction dynamics studied by coarse-grained simulations”
   Nobu C. Shirai, 5th International Symposium of the Mathematics on Chromatin Live Dynamics, Invited talk, Hiroshima, Mar. 8, 2017.
   
   
6. “Disordered tail of the linker histone H1 in chromatin compaction dynamics studied by coarse-grained simulations”
   Nobu C. Shirai and Shoji Takada, Protein Society 30th Anniversary Symposium, Baltimore, Maryland, PE-027, Jul. 17, 2016.
   
   
7. “THE INTERPLAY OF INTRINSIC DISORDER AND MACROMOLECULAR CROWDING ON α-SYNUCLEIN FIBRIL FORMATION.”
   Nobu C. Shirai and Macoto Kikuchi, Biophysical Society 60th Annual Meeting, Los Angeles, California, 2723-Pos, Mar. 2, 2016.
   
   
8. “Statistical enumeration of self-avoiding polygons on a torus”
   Nobu C. Shirai, Quantum Information via Statistical Mechanics – Counting Steps toward Realization -, Kyoto, Jan. 2013
   
   
9. “Multicanonical simulation of the Domb-Joyce model and the Go model: new enumeration methods of self-avoiding walks”
   Nobu C. Shirai and Macoto Kikuchi, CCP2012, Kobe, Oct. 2012
   
   
10. “A lattice model of Intrinsically Disordered Proteins”
    Nobu Shirai, 2010 NCTS September Workshop on Critical Phenomena and Complex Systems, Academia Sinica, Taiwan, Sep. 2010
    
    

日本物理学会

1. 相互作用格子ウォークの内部エネルギースケーリング
   白井伸宙、作道直幸、日本物理学会、オンライン、19pL2-8、2025年3月
   
   
   
2. 2つのエントロピー弾性の間のクロスオーバーで現れる負のエネルギー弾性
   白井伸宙、作道直幸、日本物理学会、東工大、15aH121-2、2022年9月
   
   
   
3. 格子ポリマーモデルで探る負のエネルギー弾性
   白井伸宙、作道直幸、日本物理学会、オンライン、16aB11-4、2022年3月
   
   
   
4. 高分子ゲルの統計力学—負のエネルギー弾性の起源を探る
   白井伸宙、作道直幸、日本物理学会、オンライン、23aM2-4、2021年9月
   
   
5. ファネルガスモデルによる蛋白質大規模系の熱力学的解析
   多田吉克、菊池誠、白井伸宙、日本物理学会、金沢大、14pBE-10、2016年9月
   
   
6. α-シヌクレイン繊維形成に対する分子混雑の影響
   白井伸宙、菊池誠、日本物理学会、東海大、27aAB-6、2014年3月
   
   
7. 天然変性タンパク質の構造ゆらぎを生かした密度変化誘起型シグナル伝達過程II
   白井伸宙、菊池誠、日本物理学会、徳島大、28aPS-108、2013年9月
   
   
8. 拡張アンサンブル法を用いたself-avoiding walkの数の推定
   白井伸宙、菊池誠、日本物理学会、広島大、26aXR-5、2013年3月
   
   
9. 天然変性タンパク質の構造ゆらぎを生かした密度変化誘起型シグナル伝達過程
   白井伸宙、菊池誠、日本物理学会、横浜国立大、20pAB-7、2012年9月
   
   
10. 格子ガスモデルを用いたタンパク質結合プロセスの熱力学的解析II
    白井伸宙、菊池誠、日本物理学会、関西学院大、27aPS-33、2012年3月
    
    
11. 格子モデルを用いたIntrinsically Disordered Proteinの熱力学的解析II
    白井伸宙、菊池誠、日本物理学会、富山大、24aPS-25、2011年9月
    
    
12. 格子ガスモデルを用いたタンパク質結合プロセスの熱力学的解析
    白井伸宙、菊池誠、日本物理学会、新潟大、28aGV-9、2011年3月
    
    
13. 格子モデルを用いたIntrinsically Disordered Proteinの熱力学的解析
    白井伸宙、菊池誠、日本物理学会、大阪府大、23aTG-7、2010年9月
    
    
14. Intrinsically disordered proteinの格子モデル
    白井伸宙、菊池誠、日本物理学会、岡山大、21aEF-11、2010年3月
    
    

日本生物物理学会

1. “Effect of bending energy on negative energetic elasticity in a lattice polymer chain”
   Nobu C. Shirai and Sakumichi Naoyuki, 1Pos198, Nagoya, Nov. 17 (2023).
   
   
2. “Cooperativity of protein folding tells us about topology selectivity in genome”
   Nobu C. Shirai and Minami Shintaro, 1Pos075, Okayama, Sep. 15 (2018).
   
   
3. “Relation between cooperative protein folding and loop connections: comprehensive analysis over 2α-4β protein topologies”
   Nobu C. Shirai and Minami Shintaro, 3Pos034, Kumamoto, Sep. 21 (2017).
   
   
4. “Relation between cooperative protein folding and loop connections”
   Nobu C. Shirai and Minami Shintaro, 3Pos053, Tsukuba, Nov. 27 (2016).
   
   
5. “Disordered tail of the linker histone H1 in chromatin compaction dynamics studied by coarse-grained simulations”
   Nobu C. Shirai and Shoji Takada, 1O1600, Kanazawa, Sep. 13 (2015).
   
   
6. “Intrinsic disorder under crowded environment: thermodynamic simulation of α-synuclein amyloid fibril formation”
   Nobu C. Shirai, 3SEA-06, Sapporo, Sep. 27 (2014).
   
   
7. “Coarse-grained simulation of chromatosome: H1-mediated dynamic compaction of nucleosome structure”
   Nobu C. Shirai and Shoji Takada, 3P118, Sapporo, Sep. 27 (2014).
   
   
8. “Macromolecular crowding effect on fibril formation of α-synuclein”
   Nobu C. Shirai and Macoto Kikuchi, 2P074, Kyoto, Oct. 29 (2013).
   
   
9. “The possible advantage of structural disorder of intrinsically disordered proteins in the new type of signaling mechanism”
   Nobu C. Shirai and Macoto Kikuchi, 1B1534, Nagoya, Sep. 22 (2012).
   
   
10. “Binding Process of Intrinsically Disordered Protein Studied by a Lattice Model of Protein”
    Nobu Shirai and Macoto Kikuchi, 1F1648, Kobe, Sep. 16 (2011).
    
    
11. “A Lattice Model of Intrinsically Disordered Proteins”
    Nobu Shirai and Macoto Kikuchi, 2P056, Sendai, Sep. 21 (2010).
    
    

蛋白質科学会

1. リンカーヒストン Hl の結合に伴うヌクレオソーム構造の凝縮ダイナミクス: Hl の変性部位に注目して
   白井伸宙、高田彰二、蛋白質科学会、徳島、1P-055、2015年6月
   
   
2. 統計力学モデルで探る天然変性タンパク質の機能—混雑した環境下でのシグナル伝達に注目して
   白井伸宙、菊池誠、蛋白質科学会、鳥取、2WC-3、2013年6月
   
   
3. 天然変性タンパク質の構造ゆらぎを生かした密度変化誘起型シグナル伝達過程
   白井伸宙、菊池誠、蛋白質科学会、名古屋、1P-060、2012年6月 (*ポスター賞受賞*楯の写真)
   
   

夏の学校

1. 格子タンパク質モデルで語るタンパク質の熱力学 (ポスター)
   白井伸宙、菊池誠、第51回生物物理若手の会夏の学校、京都、2011年8月
   
   
2. 格子タンパク質モデルの応用－自己回避酔歩を数える－ (ポスター)
   白井伸宙、第56回物性若手夏の学校　長野、2011年8月
   
   
3. モンテカルロ・カウンティング－自己回避酔歩を数える－ (分科会)
   白井伸宙、第56回物性若手夏の学校　長野、2011年8月
   
   
4. 天然変性タンパク質の格子モデル (ポスター)
   白井伸宙、第55回物性若手夏の学校、愛知、2010年8月
   
   

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